ماده ۴۶
کلیه عوارض و مالیات موضوع این قانون که توسط گمرک جمهوری اسلامی ایران به صورت قطعی وصول و به حسابهای مربوطه واریز می شود، مشمول حکم ماده (۱۶۰ )قانون امور گمرکی می باشد.
ماده ۴۷
پرونده های مالیات بر ارزش افزوده که تاریخ تعلق آنها قبل از لازم الاجرا شدن این قانون است، از نظر تعیین مأخذ مشمول مالیات و نرخ مالیات، جرایم و تکالیف مؤدیان و مأموران مالیاتی و نحوه رسیدگی تابع قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷/۲/۱۷ می باشد، اما در مورد رفع اختلاف سازمان با مؤدی، قطعیت، وصول، توزیع و تسویه، تابع احکام و مقررات این قانون است.
ماده ۴۸
متن زیر جایگزین ماده (۲۳۸ )قانون مالیات های مستقیم می شود و به این قانون تسری می یابد:
»ماده ۲۳۸ -در مواردی که برگ تشخیص مالیات صادر و به مؤدی ابلاغ می شود، چنانچه مؤدی نسبت به آن معترض باشد می تواند ظرف سی روز از تاریخ ابلاغ شخصاً یا به وسیله وکیل تام الاختیار خود با ارائه دلایل و اسناد و مدارک کتباً از اداره امور مالیاتی تقاضای رسیدگی مجدد نماید. مسئول/ مسئولین مربوط که از طرف سازمان امور مالیاتی مشخص می شوند، موظفند پس از ثبت درخواست مؤدی و ظرف مهلتی که بیش از چهل و پنج روز از تاریخ ثبت درخواست نباشد به موضوع رسیدگی و در صورتی که دلایل و اسناد و مدارک ابرازشده را برای رد مندرجات برگ تشخیص کافی دانستند ، آن را رد و در صورتی که دلایل و اسناد و مدارک ابرازی را مؤثر در تعدیل درآمد تشخیص دهند موارد تعدیل درآمد مشمول مالیات را مشخص نمایند. چنانچه مؤدی نظر مسؤول/ مسئولین مربوط در تعدیل درآمد مشمول مالیات را قبول نماید درآمد مشمول مالیات تعدیل شده، قطعی است. در غیر این صورت برای رسیدگی به مابه التفاوت تا مبلغ مورد اعتراض مؤدی، موضوع به هیأت حل اختلاف مالیاتی ارجاع می شود. همچنین هرگاه دلایل و اسناد و مدارک ابرازی مؤدی را برای رد برگ تشخیص یا تعدیل درآمد مؤثر تشخیص ندهند باید موضوع را مستدلا در پرونده منعکس و مراتب را برای رسیدگی به هیأت حل اختالف مالیاتی ارجاع نمایند.
تبصره ۱ -دستورالعمل اجرائی این ماده با پیشنهاد سازمان امور مالیاتی به تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می رسد.
تبصره ۲ -در مواردی که مؤدی اطلاعات مربوطه را از طریق سامانه مؤدیان اظهار کرده باشد، مطابق احکام قانون سامانه مؤدیان و پایانه های فروشگاهی رفتار خواهد شد.«

فصل دهم : سایر مقررات