ماده ۴۹
متن زیر جایگزین تبصره ماده (۲۳۹ )قانون مالیات های مستقیم می شود و به این قانون تسری می یابد:
»تبصره - در مواردی که برگ تشخیص مالیات طبق مقررات تبصره (۱ )و قسمت أخیر تبصره (۲ )ماده (۲۰۳ )و ماده (۲۰۸ )این قانون ابلاغ شده باشد و مؤدی به شرح مقررات این ماده اقدام نکرده باشد در حکم معترض به برگ تشخیص مالیات شناخته می شود و پرونده امر برای رسیدگی به هیأت حل اختالف مالیاتی ارجاع می گردد.«
ماده ۵۰
ماده ۵۰ -متن زیر جایگزین ماده (۲۴۴ )قانون مالیات های مستقیم و تبصره های آن می شود و به این قانون تسری می یابد: »ماده ۲۴۴ -مرجع رسیدگی به کلیه اختلاف های مالیاتی جز در مواردی که ضمن مقررات این قانون مرجع دیگری پیش بینی شده ، هیأت حل اختلاف مالیاتی است . هر هیأت حل اختلاف مالیاتی از سه نفر به شرح زیر تشکیل می شود:
۱ -یک نفر نماینده سازمان امور مالیاتی کشور
۲ -یک نفر از میان قضات بازنشسته یا حقوق دانان مطلع در امور مالیاتی با شرط وثاقت و امانت به درخواست سازمان امور مالیاتی و انتخاب رئیس کل دادگستری هر استان
۳ -یک نفر نماینده از اتاق بازرگانی، صنایع و معادن و کشاورزی ایران، اتاق تعاون ایران، جامعه حسابداران رسمی ایران، جامعه مشاوران رسمی مالیاتی ایران، مجامع حرفه ای، اتاق اصناف ایران، شورای اسلامی شهر، کانون وکلا ، مرکز وکلا، کارشناسان رسمی و مشاوران خانواده که برای مدت سه سال منصوب می شوند. مؤدی همزمان با اعتراض به برگ تشخیص یا مطالبه مالیات یکی از مراجع این بند را به عنوان نماینده خود جهت شرکت در جلسات هیأت حل اختلاف مالیاتی معرفی می نماید. در صورتی که برگ تشخیص مالیات ابلاغ قانونی شده باشد و یا همزمان با تسلیم اعتراض به برگ تشخیص در مهلت قانونی مؤدی انتخاب خود را اعلام ننماید، با توجه به نوع فعالیت مؤدی یا موضوع مالیات مورد رسیدگی، از بین نمایندگان مزبور با رعایت تبصره (۵ )این ماده یک نفر انتخاب می شود
تبصره ۱ -جلسات هیأتهای حل اختلاف مالیاتی با حضور هر سه عضو رسمیت می یابد و رأی هیأت با اکثریت آراء قطعی و لازم الاجرا است، ولی نظر اقلیت باید در متن رأی قید گردد.
تبصره ۲ -هیأتهای حل اختلاف مالیاتی دارای استقلال کامل بوده و صرفاً اداره امور دبیرخانه ای هیأتهای حل اختلاف مالیاتی و تشکیل جلسات هیأتها به عهده سازمان امور مالیاتی می باشد. انشای رأی با رعایت اصل عدالت و بی طرفی کلیه اعضا و متکی به اسناد و مدارک مثبته و دلایل و شواهد متقن در همان جلسه و یا حداکثر ظرف سه روز کاری پس از برگزاری جلسه، توسط نماینده بند(۲ )این ماده به عمل آمده و به امضای تمامی اعضا می رسد. مؤدی یا نماینده قانونی وی مجاز به حضور کامل در جلسه و ارائه دفاعیات به صورت کتبی یا شفاهی است. اظهارات شفاهی باید در صورتجلسه قید و به امضای وی برسد. سازمان امور مالیاتی به منظور اعمال نظارت مؤثر بر عملکرد هیأتهای حل اختلاف مالیاتی، مکلف است نسبت به مستندسازی فرآیند برگزاری جلسات هیأت به نحو مقتضی اقدام کند.
تبصره ۳ -تعیین حق الزحمه اعضای موضوع بندهای(۲ )و (۳ )این ماده متناسب با تعداد و مدت جلسات و نیز مراحل، منابع مالیاتی و پرونده های مورد رسیدگی از محل اعتباری که به همین منظور در بودجه سالانه سازمان امور مالیاتی کشور پیش بینی می شود، مطابق دستورالعملی است که توسط سازمان مذکور تهیه و ایلاغ می گردد. حق الزحمه اعضا به صورت متمرکز از طرف سازمان امور مالیاتی کشور به حساب اعضا پرداخت می شود
تبصره ۴ -سازمان امور مالیاتی مکلف است نمایندگان معرفی شده در اجرای بندهای (۲ )و(۳ )این ماده را به عنوان اعضای هیأتهای حل اختلاف مالیاتی بپذیرد و با رعایت تبصره (۵ )این ماده از آنها جهت شرکت در هیأتهای مزبور دعوت نماید.
تبصره ۵ -اسامی کلیه افراد معرفی شده توسط رئیس کل دادگستری هر استان، مدیر کل مالیاتی استان و مراجع مذکور در بند (۳ )این ماده به تفکیک شهرستان ها در سامانه ای که به صورت متمرکز و حداکثر ظرف سه ماه پس از لازم الاجرا شدن این قانون توسط سازمان امور مالیاتی کشور ایجاد می شود، درج می گردد. انتخاب افراد موضوع بندهای (۱) ،(۲ )و (۳ )برای هر پرونده در مواردی که در شهرستان مورد نظر بیشتر از یک نفر وجود داشته باشد، به صورت تصادفی توسط سامانه مزبور انجام می شود. این سامانه مستقیماً زیر نظر رئیس کل سازمان امور مالیاتی، مدیریت می گردد.
تبصره ۶ -سازمان امور مالیاتی کشور مکلف است حداقل یک هفته قبل از تشکیل جلسه هیأت به نحو مقتضی زمینه دسترسی اعضای هیأت حل اختلاف مالیاتی را برابر مقررات مربوط به مندرجات پرونده مورد اعتراض فراهم نماید
تبصره ۷ -هریک از افراد مذکور در بندهای(۲ )و(۳ )این ماده در صورتی که بیشتر از سه جلسه متوالی یا چهار جلسه متناوب در یک سال از حضور در جلسات هیأت خودداری نمایند، حکم آنان لغو می شود و رئیس کل دادگستری هر استان و مرجع مربوط، حسب مورد، موظف است ظرف ده روز کاری فرد جایگزین را معرفی نماید.
تبصره ۸ -به منظور اجرای عدالت و اصل استقلال و بی طرفی و رعایت حقوق شهروندی و نظارت مؤثر، سازمان امور مالیاتی مکلف است ساختار اداره هیأتهای حل اختلاف مالیاتی را به صورت مستقل، تحت عنوان مرکز دادرسی مالیاتی در ساختار خود ذیل رئیس کل سازمان ایجاد نماید. واحدهای دادرسی مالیاتی در هر استان مستقل از اداره کل مالیاتی استان تشکیل می شود
تبصره ۹ -پس از استقرار سامانه مؤدیان، ثبت اعتراض توسط مؤدی، انتخاب یکی از مراجع موضوع بند(۳ )این ماده ، ارائه هرگونه لایحه به هیأتهای حل اختلاف ، مشاهده اسناد، مدارک و اطلاعات موردنیاز، ابلاغ تاریخ تشکیل جلسات هیأت، اطلاع از نتایج دادرسی و هرگونه اطلاع دیگر در خصوص پرونده دادرسی مالیاتی از طریق سامانه مذکور انجام می شود
تبصره ۱۰ -سازمان امور مالیاتی کشور مکلف است زمینه دسترسی کامل مؤدی و یا نماینده قانونی وی به مفاد پرونده مورد اعتراض را حداقل یک هفته قبل از تشکیل هیأت فراهم نماید.
تبصره ۱۱ -عضویت همزمان در فهرست نمایندگان بندهای (۲ )و(۳ )موضوع این ماده ممنوع است.«

ماده دهم : سایرمقررات 

ماده ۴۶
کلیه عوارض و مالیات موضوع این قانون که توسط گمرک جمهوری اسلامی ایران به صورت قطعی وصول و به حسابهای مربوطه واریز می شود، مشمول حکم ماده (۱۶۰ )قانون امور گمرکی می باشد.
ماده ۴۷
پرونده های مالیات بر ارزش افزوده که تاریخ تعلق آنها قبل از لازم الاجرا شدن این قانون است، از نظر تعیین مأخذ مشمول مالیات و نرخ مالیات، جرایم و تکالیف مؤدیان و مأموران مالیاتی و نحوه رسیدگی تابع قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷/۲/۱۷ می باشد، اما در مورد رفع اختلاف سازمان با مؤدی، قطعیت، وصول، توزیع و تسویه، تابع احکام و مقررات این قانون است.
ماده ۴۸
متن زیر جایگزین ماده (۲۳۸ )قانون مالیات های مستقیم می شود و به این قانون تسری می یابد:
»ماده ۲۳۸ -در مواردی که برگ تشخیص مالیات صادر و به مؤدی ابلاغ می شود، چنانچه مؤدی نسبت به آن معترض باشد می تواند ظرف سی روز از تاریخ ابلاغ شخصاً یا به وسیله وکیل تام الاختیار خود با ارائه دلایل و اسناد و مدارک کتباً از اداره امور مالیاتی تقاضای رسیدگی مجدد نماید. مسئول/ مسئولین مربوط که از طرف سازمان امور مالیاتی مشخص می شوند، موظفند پس از ثبت درخواست مؤدی و ظرف مهلتی که بیش از چهل و پنج روز از تاریخ ثبت درخواست نباشد به موضوع رسیدگی و در صورتی که دلایل و اسناد و مدارک ابرازشده را برای رد مندرجات برگ تشخیص کافی دانستند ، آن را رد و در صورتی که دلایل و اسناد و مدارک ابرازی را مؤثر در تعدیل درآمد تشخیص دهند موارد تعدیل درآمد مشمول مالیات را مشخص نمایند. چنانچه مؤدی نظر مسؤول/ مسئولین مربوط در تعدیل درآمد مشمول مالیات را قبول نماید درآمد مشمول مالیات تعدیل شده، قطعی است. در غیر این صورت برای رسیدگی به مابه التفاوت تا مبلغ مورد اعتراض مؤدی، موضوع به هیأت حل اختلاف مالیاتی ارجاع می شود. همچنین هرگاه دلایل و اسناد و مدارک ابرازی مؤدی را برای رد برگ تشخیص یا تعدیل درآمد مؤثر تشخیص ندهند باید موضوع را مستدلا در پرونده منعکس و مراتب را برای رسیدگی به هیأت حل اختالف مالیاتی ارجاع نمایند.
تبصره ۱ -دستورالعمل اجرائی این ماده با پیشنهاد سازمان امور مالیاتی به تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می رسد.
تبصره ۲ -در مواردی که مؤدی اطلاعات مربوطه را از طریق سامانه مؤدیان اظهار کرده باشد، مطابق احکام قانون سامانه مؤدیان و پایانه های فروشگاهی رفتار خواهد شد.«

فصل دهم : سایر مقررات 

ماده ۴۲‌
معادل دوازده ‌‌در‌‌ هزار ‌ارزش‌ گمرکی کالا‌‌‌های وارداتی که حقوق ورودی آنها وصول می‌شود، توسط گمرک جمهوری اسلامی ایران به حساب تمرکز وجوه وزارت کشور واریز شده تا به نسبت سیزده‌درصد(۱۳%) کلانشهرها، سی‌ و پنج‌درصد(۳۵%) دهیاری‌ها و روستاهای فاقد دهیاری و عشایر و پنجاه و دودرصد(۵۲%) سایر شهرداری‌ها و بر اساس شاخص‌هایی که با پیشنهاد وزارت کشور به تصویب هیأت دولت می‌رسد، صرف کمک و ایجاد درآمد پایدار برای شهرداری‌ها و دهیاری‌ها و روستاهای فاقد دهیاری و عشایر گردد. وزارت کشور مکلف است وصولی هر ماه را تا پانزدهم ماه بعد براساس سهم‌های تعیین‌شده به حساب شهرداری‌ها و دهیاری‌ها واریز نماید و هرگونه برداشت از حساب تمرکز وجوه به‌ جز پرداخت به شهرداری‌ها و دهیاری‌ها و روستاهای فاقد دهیاری و عشایر ممنوع است.
ماده ۴۳‌
یک‌نهم مالیات‌ها و عوارض وصولی موضوع ماده ‌(۷) و بندهای «الف» و «ب» ماده ‌(۲۶) این قانون به‌عنوان «مالیات سلامت»، همزمان با دریافت توسط سازمان امور مالیاتی، به حساب خزانه‌داری کل کشور واریز می‌گردد. خزانه مکلف است مبالغ دریافتی هر ماه را تا پایان پانزدهم ماه بعد به حساب وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی واریز نماید. عدم تخصیص مبلغ مذکور در حکم تصرف غیرمجاز در اموال عمومی است.
۱۰۰% منابع دریافتی موضوع این ماده ‌از طریق ردیف یا ردیف‌هایی که برای این منظور در قوانین بودجه سنواتی پیش‌بینی می‌شود به پیشگیری و پوشش کامل درمان افراد ساکن در روستاها و شهرهای دارای بیست هزار نفر جمعیت و پایین‌تر و جامعه عشایری (در چهارچوب نظام ارجاع)، اختصاص می‌یابد و پس از تحقق هدف مذکور نسبت به تکمیل و تأمین تجهیزات بیمارستانی و مراکز بهداشتی و درمانی با اولویت بیمارستان‌های مناطق توسعه‌نیافته، مصارف هیأت امنای ارزی و ارتقای سطح بیمه بیماران صعب‌العلاج و افراد تحت پوشش نهادهای حمایتی خارج از روستاها و شهرهای بالای بیست هزار نفر جمعیت اقدام می‌شود. هرگونه پرداخت هزینه‌های نیروی انسانی نظیر حقوق و مزایا، اضافه کار، کمک‌های رفاهی، پاداش، فوق‌العاده‌های مأموریت، کارانه، بهره‌وری، مدیریت، نوبت‌کاری، دیون و مانند آن و هزینه‌های اداری نظیر اقلام مصرفی اداری و تأمین اثاثیه و منصوبات اداری از این محل ممنوع است.
ماده ۴۴‌
منابع حاصل از مالیات‌های موضوع مواد (۳۰) و (۳۱) این قانون سهم دولت است و به حساب خزانه‌داری کل کشور واریز می‌شود.
ماده ۴۵‌
دولت موظف است از محل منابع حاصل از مالیات دریافتی سهم خود موضوع ماده ‌(۷) این قانون، سالانه مجموع کمک‏های نقدی پرداختی به هر فرد تحت پوشش نهادهای حمایتی را علاوه بر سایر افزایش‏های سنواتی، حداقل معادل نرخ مالیات بر ارزش افزوده افزایش داده و به منظور جبران مالیات دریافتی به افراد مذکور پرداخت نماید. نهادهای حمایتی مذکور مکلفند نسبت به شناسایی اشخاص نیازمندی که تحت پوشش نیستند، اقدام و آنها را مشمول دریافت افزایش مذکور نمایند. آیین‌نامه اجرائی این ماده ‌شامل چگونگی شناسایی اشخاص نیازمند و نحوه حمایت از آنها حداکثر سه‌ماه پس از لازم الاجرا شدن این قانون توسط وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی با همکاری سازمان بهزیستی کشور و کمیته امداد امام خمینی(ره) تهیه و به تصویب هیأت وزیران می‏رسد.